此次城市供水水質專項調查是為了落實國務院有關批示要求，配合相關規劃的編制，與2009年城市供水水質監督檢查工作結合開展的。調查對象為全國所有設市城市和縣城公共供水的水源和出廠水水質情況，主要調查2008年公共供水水質基本情況以及近期水質檢查發現的水質問題。檢測水質主要內容為：以地下水為水源的公共供水廠，檢測出廠水CODMn（高錳酸鹽指數）、消毒劑余量、色度等13項指標；以地表水為水源的公共供水廠的原水和出廠水檢測CODMn、氨氮等6項指標。 

   《通知》特別要求各省、自治區、直轄市建設（城市供水）主管部門要認真做好水質情況的上報和水質普查的組織實施工作，并在2009年6月25日前完成水質基本情況的匯總統計，上報住房和城鄉建設部城市建設司。

    《通知》指出，各直轄市、省會城市的國家城市供水水質監測網監測站為各地水質檢測的技術牽頭單位，要協助做好水質檢測工作，并負責水質檢測數據的匯總。在2009年6月30日前將檢測數據的紙質報告上報住房和城鄉建設部城市供水水質監測中心，并按照要求通過“城市供水水質信息管理系統”上傳檢測數據。城市供水水質監測中心在2009年7月10日前完成有關數據匯總分析工作，8月15日前提交水質普查報告。